『まんが日本史』第52話（最終話）：「明治維新〜新政府の出発〜」では、戊辰戦争から第1回帝国議会開会までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第16巻：『幕末の風雲』と第17巻：「明治維新」と第18巻「近代国家の発展」に相当する。

『まんが日本史』第51話：「江戸幕府の崩壊〜大政奉還と戊辰戦争〜」では、第2次長州征伐から鳥羽・伏見の戦いまでを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第16巻：『幕末の風雲』に相当する。

『まんが日本史』第50話：「攘夷から倒幕へ〜薩長連合と坂本龍馬〜」では、八月十八日の政変から薩長連合成立までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第16巻：『幕末の風雲』に相当する。

『まんが日本史』第49話：「尊王攘夷〜幕末の志士たち〜」では、安藤信正から薩英戦争、四国艦隊下関砲撃事件までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第16巻：『幕末の風雲』に相当する。

『まんが日本史』第48話：「黒船来たる〜井伊直弼と安政の大獄〜」では、ペリー来航から桜田門外の変までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第16巻：『幕末の風雲』に相当する。

『まんが日本史』第47話：「ゆきづまる幕府〜北方探検と大塩平八郎の乱〜」では、ラクスマン来航から天保の改革を経てペリー来航までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第15巻：『ゆきづまる幕府』に相当する。

『まんが日本史』第46話：「江戸町人文化の開花〜蘭学と国学〜」では、『解体新書』から寛政の改革を経て化政文化までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第14巻：『幕府の改革』に相当する。

『まんが日本史』第45話：「ゆらぐ封建制度〜享保の改革と田沼時代〜」では、徳川吉宗の将軍就任から田沼意次の失脚までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第14巻：『幕府の改革』に相当する。

『まんが日本史』第44話：「士農工商〜身分制度の確立と元禄文化〜」では、徳川家光、家綱を経て、綱吉の死までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第13巻：『士農工商』に相当する。なお、番組中で触れられている「お触書」とは慶安の御触書のことで…

『まんが日本史』第43話：「キリシタンの弾圧〜鎖国と島原の乱〜」では、徳川家光の 将軍就任から鎖国までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第13巻：『士農工商』に相当する。

『まんが日本史』第42話：「徳川家康の政治 〜幕府二百六十年の基礎固まる〜」では、ウィリアム・アダムス（三浦按針）の登場から徳川家光の将軍就任までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第12巻：『江戸幕府ひらく』に相当する。

『まんが日本史』第41話：「家康江戸幕府を開く〜大坂夏の陣と豊臣氏滅亡〜」では、家康の征夷大将軍就任から大坂夏の陣までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第12巻：『江戸幕府ひらく』に相当する。

『まんが日本史』第40話：「関ヶ原の合戦〜家康と石田三成の対決〜」では、前田利家の死から家康の征夷大将軍就任までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第11巻：『天下の統一』に相当する。

『まんが日本史』第39話：「豊臣秀吉の野望〜朝鮮出兵と安土桃山の文化〜」では、豊臣秀長の死から秀吉の死までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第11巻：『天下の統一』に相当する。

『まんが日本史』第38話：「秀吉ついに天下を取る〜封建制度の確立〜」では、秀吉の天下統一を扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第11巻：『天下の統一』に相当する。

『まんが日本史』第37話：「天下統一への道〜豊臣秀吉と徳川家康〜」では、清洲会議から秀吉が豊臣姓を賜るまでを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第11巻：『天下の統一』に相当する。

『まんが日本史』第36話：「本能寺の変〜英雄の最期〜」では、安土城築城から明智光秀の死までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第11巻：『天下の統一』に相当する。

『まんが日本史』第35話：「革命児 織田信長〜一向一揆と比叡山の焼き討ち〜」では、第15代将軍足利義昭の就任から長篠の戦いまでを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第11巻：『天下の統一』に相当する。

『まんが日本史』第34話：「桶狭間の戦い〜織田信長と木下藤吉郎〜」では、織田信長と斎藤道三の会見から信長の美濃攻略までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第10巻：『戦国大名の争い』に相当する。

『まんが日本史』第33話：「戦国の群雄〜武田信玄と上杉謙信〜」では、武田晴信（信玄）と長尾景虎（上杉謙信）を扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第10巻：『戦国大名の争い』に相当する。

『まんが日本史』第32話：「鉄砲の伝来〜キリスト教と西洋技術〜」では、種子島への鉄砲伝来から織田信長の登場までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第10巻：『戦国大名の争い』に相当する。

『まんが日本史』第31話：「戦国時代の幕開け〜北条早雲と毛利元就〜」では、戦国大名の伊勢新九郎（北条早雲）と毛利元就を扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第10巻：『戦国大名の争い』に相当する。

『まんが日本史』第30話：「立ち上がる民衆〜東山文化の輝き〜」では、山城の国一揆から足利義政の死までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第9巻：『立ち上がる民衆』に相当する。

『まんが日本史』第29話：「応仁の乱〜内乱と下剋上〜」では、嘉吉の変から第9代将軍足利義尚就任までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第9巻：『立ち上がる民衆』に相当する。

『まんが日本史』第28話：「ゆれる室町幕府〜正長の土一揆〜」では、第4代将軍足利義持から第6代将軍足利義教暗殺までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第9巻：『立ち上がる民衆』に相当する。なお、平凡社『世界大百科事典』（第2版）によると、当…

『まんが日本史』第27話：「室町幕府の繁栄〜足利義満と北山文化〜」では、足利義満の太政大臣就任から足利義満の死までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第8巻：『南朝と北朝』に相当する。

『まんが日本史』第26話：「南北朝の統一〜室町幕府の基礎固まる〜」では、第2代将軍足利義詮の死から南北朝の統一までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第8巻：『南朝と北朝』に相当する。

『まんが日本史』第25話：「南朝と北朝の対立 〜足利尊氏幕府を開く〜」では、持明院統と大覚寺統の対立から足利尊氏の死までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第8巻：『南朝と北朝』に相当する。

『まんが日本史』第24話：「建武の新政〜後醍醐天皇の理想〜」では、建武の新政から北朝の光明天皇即位までを扱う。『学習まんが 少年少女日本の歴史』第8巻：『南朝と北朝』に相当する。